伝統宗教教団がカルト問題に沈黙してきたとされるが、実際には一様に無関心であったわけではない。地下鉄サリン事件以降、複数の宗派が声明を発し、また信者向けに注意喚起も行われた。さらに被害者家族への相談対応や脱会支援に関わった僧侶も存在する。

それでもこれらの取り組みが社会に十分に認識されなかった背景には、「同業者批判」へのためらいがある。個別の宗教法人として独立性を重視する日本の宗教界では、他宗を批判しない慣行が根強く、信教の自由を尊重する理念が相互不干渉へと転化してきた。その結果、倫理的責任が曖昧となり、問題団体の暴走を抑えきれなかった。宗教を守るための沈黙がかえって宗教への信頼を損なう構造を生んでしまったのである。

さらに、カルト問題に関する知識の共有不足も深刻である。宗教学や社会学では研究が進んでいるものの、その成果は宗教界全体に十分浸透していない。

僧侶教育では「信仰の純粋性」や「伝統の継承」が重視され、宗教が社会に与える影響を批判的に学ぶ機会が乏しいため、問題が起きても「他宗のこと」と見做す傾向がある。また、宗教とカルトの境界を明確に説明できない不安や、発言が他宗批判や宗教弾圧と受け取られる懸念も沈黙を助長した。これらは怠慢ではなく、宗教的礼節・制度的制約・社会的警戒が複合した構造的現象である。